PicoPLEX全基因組擴(kuò)增技術(shù)已經(jīng)成為PGS的標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增技術(shù)。
植入前基因篩查和診斷(PGS,PGD)指體外受精(IVF)過程中所做的胚胎或卵母細(xì)胞測試,以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎,提高懷孕成功率,降低特定遺傳病的傳遞風(fēng)險(xiǎn)。微陣列分析是IVF機(jī)構(gòu)zui常用的PGS技術(shù),應(yīng)用PicoPLEX技術(shù)的好幾種試劑盒被廣泛使用。包括Illumina’s 24Sure 微陣列(原 BlueGnome’s 24Sure), Perkin Elmer’s KaryoLite BoBs developed for PGS和 Oxford Gene Technology’s CytoSure™ 微陣列。不過實(shí)驗(yàn)室研究趨向是使用低深度的新一代測序(NGS)替代微陣列,PicoPLEX DNA-seq正好滿足這種需求。
植入前基因篩查診斷流程
首先從受精卵吸取一個(gè)極體或者從受精后第三天的5到10個(gè)胚胎細(xì)胞吸取單細(xì)胞。裂解細(xì)胞后,釋放出來的DNA進(jìn)行擴(kuò)增,所得產(chǎn)物標(biāo)記后與含有目標(biāo)基因組的微陣列雜交。分析軟件會(huì)識別出拷貝數(shù)變異。具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性,PicoPLEX全基因組擴(kuò)增技術(shù)已經(jīng)成為PGS的標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增技術(shù)。這一技術(shù)也適用任何單細(xì)胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。
胚胎細(xì)胞(極體 卵裂 囊胚)——PicoPLEX試劑(裂解擴(kuò)增DNA)——微陣列雜交——染色體變異分析
PicoPLEX技術(shù)
PicoPLEX使用非互補(bǔ)引物進(jìn)行隨機(jī)引物延伸,所得文庫系統(tǒng)偏差高,而隨機(jī)偏差極低。
引物特點(diǎn):隨機(jī)引物延伸和非互補(bǔ)引物
文庫特征:高系統(tǒng)偏差 低隨機(jī)偏差
* US patent 7,803,550 and EP1924704
PicoPLEX® WGA Kit
植入前基因篩查(PGS)PicoPLEX®單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒
從單細(xì)胞中擴(kuò)增DNA構(gòu)建高重復(fù)性的文庫現(xiàn)在成為可能。PicoPLEX WGA kit采用技術(shù),設(shè)計(jì)、優(yōu)化用于從單細(xì)胞中擴(kuò)增單拷貝基因組DNA。起始量低至單細(xì)胞或6pg基因組DNA。便捷的單管操作流程減少失誤,節(jié)省時(shí)間并降低反應(yīng)背景。
PicoPLEX WGA Kit兼容微陣列比較基因組雜交(array CGH)分析及PCR平臺(tái),被試管嬰兒行業(yè)供應(yīng)商如BlueGnome信賴并用于PGS/PGD。
操作流程
單管,三步。在1個(gè)PCR管或微孔中3個(gè)小時(shí)即可完成。無需樣品純化和轉(zhuǎn)移過程,降低了樣品損失,避免了操作污染和操作誤差。
單細(xì)胞擴(kuò)增再現(xiàn)性良好
腫瘤細(xì)胞經(jīng)流式細(xì)胞術(shù)分選后,采用PicoPLEX WGA Kit 擴(kuò)增。每個(gè)細(xì)胞(藍(lán)色曲線)擴(kuò)增比率相同,并且預(yù)期產(chǎn)量相同。不含細(xì)胞的樣品(綠色曲線;空白模板對照)顯示非常低的背景。
適用CNV分析
CNV(拷貝數(shù)變異)分析:單個(gè)卵裂球樣品采用PicoPLEX WGA Kit擴(kuò)増,標(biāo)記后與BlueGnome®24sure® arrays雜交(Genesis Genetics Institute),結(jié)果清晰地顯示了拷貝數(shù)變異。2011年ESHRE (歐洲人類生殖與胚胎學(xué)會(huì))的臨床實(shí)驗(yàn)證明了采用PicoPLEX 技術(shù)進(jìn)行人類染色體核型分析的準(zhǔn)確性。
PicoPLEX技術(shù)
技術(shù)優(yōu)勢:利用特殊隨機(jī)引物(Quasi-random primer)引發(fā)線性擴(kuò)增進(jìn)行全基因組擴(kuò)增。
相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎(chǔ)的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增技術(shù),操作簡單快速。擴(kuò)增zui大優(yōu)勢:再現(xiàn)性良好。
PicoPLEX技術(shù):單細(xì)胞在單管或單孔中裂解。在預(yù)擴(kuò)增過程中,特殊隨機(jī)引物與基因組DNA結(jié)合延伸,形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)文庫,在接下來的擴(kuò)增中,只有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的文庫被擴(kuò)增。
(中文版:單細(xì)胞 細(xì)胞裂解 模版DNA 變性與回收模版 退火引物 引物延伸 變性與引物重連 延伸;莖環(huán)形文庫收集 擴(kuò)增
*步:細(xì)胞裂解;第二步:預(yù)擴(kuò)增 采用特殊隨機(jī)引物選擇性結(jié)合基因組DNA后進(jìn)行擴(kuò)增;第三步:擴(kuò)增 使用含有illumina index的引物進(jìn)行擴(kuò)增)
應(yīng)用
拷貝數(shù)變異分析-CNV(aCGH)
單核苷酸多態(tài)性分型-SNP
基因突變篩查-PCR
不能直接應(yīng)用NGS,PicoPLEX DNA-seq Kit可以直接應(yīng)用NGS。
擴(kuò)展產(chǎn)品
PicoPLEX DNA-Seq (Picoseq) 技術(shù)在PicoPLEX WGA技術(shù)的基礎(chǔ)上發(fā)展,擴(kuò)增部分與PicoPLEX類似,但是在擴(kuò)增的第二步,會(huì)加入Illumina接頭和index(條形碼)。
訂購信息
貨號 | 產(chǎn)品名稱 | 包裝 |
RB3050/R30050 | PicoPLEX WGA Kit單細(xì)胞基因組擴(kuò)增試劑盒,array CGH、PCR分析用 | 50次反應(yīng) |
RB3381/R300381 | PicoPLEX DNA-seq Kit,48種雙端Illumina indexes | 48次反應(yīng) |