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ThruPLEX DNA-seq Kit NGS測序文庫制備試劑

簡要描述:ThruPLEX DNA-seq Kit NGS測序文庫制備試劑以低至50 pg至50 ngDNA為起始材料,尤其適合ChIP-DNA。ThruPLEX DNA 測序文庫試劑的三步式單管操作是業(yè)界Z簡單的文庫制備流程,可Z大限度地減少處理錯誤和寶貴樣品的損失。

  • 產(chǎn)品型號:Rubicon R400407
  • 廠商性質(zhì):生產(chǎn)廠家
  • 更新時(shí)間:2019-03-27
  • 訪  問  量:2550
詳細(xì)介紹
品牌其他品牌貨號R400407/RB4407
規(guī)格96次供貨周期一個(gè)月
主要用途NGS新一代測序微量樣本DNA文庫制備試劑

華雅旗下 紅榮微再(上海)生物工程技術(shù)有限公司 授權(quán)代理Rubicon Genomics 文庫制備試劑 R400407/RB4407為期貨詳詢  紅榮微再-客服  經(jīng)銷商專員

 

ThruPLEX DNA-seq以pg級微量DNA作為起始樣本構(gòu)建文庫,特別設(shè)計(jì)接頭免去了中間純化步驟,簡化了文庫制備流程,整個(gè)實(shí)驗(yàn)只需15分鐘手動操作且為1個(gè)反應(yīng)管、2個(gè)小時(shí)、3步反應(yīng)的簡單過程。尤其適合少量細(xì)胞起始的ChIP測序。

 

Rubicon ThruPLEX DNA-seq Kit

NGS新一代測序微量樣本DNA文庫制備試劑

英文名稱:ThruPLEX DNA-seq 96D Kit

中文名稱:DNA測序文庫制備試劑

貨號:R400407或RB4407(舊貨號)

品牌:Rubicon Genomics

 

加樣量 50 pg - 50 ng

反應(yīng)時(shí)間 2小時(shí)

手動操作 15 min

操作步驟 3步

類型 完整試劑盒,包含illumina測序索引(indexes)

適合樣本 所有打斷的雙鏈DNA

 

ThruPLEX DNA測序文庫制備試劑基于ThruPLEX化學(xué)技術(shù)制備DNA文庫,文庫的多重測序能力提高,具有更高多樣性。試劑zui高包含96個(gè)illumina兼容索引(indexes)。ThruPLEX DNA測序文庫制備試劑可用于DNA/RNA 測序和ChIP測序,并與主流目標(biāo)區(qū)域富集平臺兼容。

 

ThruPLEX DNA-seq應(yīng)用

全基因組測序(WGS)

全外顯子組測序(WES)

靶向測序

染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

RNA-seq

 

應(yīng)用特別介紹:ChIP-seq

ChIP-seq引用文獻(xiàn)2016至今有11篇ThruPLEX用于ChIP-seq 的高影響因子文章發(fā)表。

 

簡單的工作流程:3個(gè)反應(yīng)步驟在一個(gè)管內(nèi)進(jìn)行,只需2h,手動操作15min

模板修復(fù)—末端連接—擴(kuò)增

 

 

組份:

分模板準(zhǔn)備、文庫合成和文庫擴(kuò)增三大部分。保存-20℃。

 

模板準(zhǔn)備緩沖液+模板準(zhǔn)備酶(紅色)

文庫合成緩沖液+文庫合成酶(黃色)

文庫擴(kuò)增緩沖液+文庫擴(kuò)增酶(綠色)

 

Illumina索引(indexing) 試劑(藍(lán)色)

無核酸酶水(無色)

 

ThruPLEX DNA-seq特點(diǎn)

高靈敏度、高性能:以低至50 pg50 ngDNA為起始材料,尤其適合ChIP-DNA

快速簡便的工作流程:單管或單孔3步操作,2小時(shí),無需轉(zhuǎn)移操作

可重復(fù)的結(jié)果:構(gòu)建文庫具有高多樣性、低重復(fù)度和GC偏差

完整的文庫構(gòu)建試劑:優(yōu)化的illumina index引物和接頭試劑、酶、緩沖液及無核酸酶水

兼容主流目標(biāo)區(qū)域富集平臺:Agilent SureSelect®, Roche Nimblegen® SeqCap® EZ IDT xGen® Lockdown® probes

 

ThruPLEX技術(shù)—莖環(huán)形 接頭

莖環(huán)形接頭的特別設(shè)計(jì),能夠有效抑制二聚體的形成,免去了大多數(shù)Illumina等文庫制備技術(shù)需要的中間純化和樣品轉(zhuǎn)移步驟。整個(gè)實(shí)驗(yàn)只需15分鐘手動操作且為1個(gè)反應(yīng)管、2個(gè)小時(shí)、3步反應(yīng)的簡單過程。僅在PCR反應(yīng)后進(jìn)行1次磁珠純化,純化造成的樣品損失低,可對珍貴樣品進(jìn)行有效分析。

 

莖環(huán)形接頭的設(shè)計(jì)降低實(shí)驗(yàn)背景,免去了中間純化步驟。

 

ThruPLEX DNA-seq 制備文庫高多樣性 低重復(fù)度 低GC偏差

 

ThruPLEX DNA-seq Kit 優(yōu)于其他NGS文庫制備試劑。與其他試劑相比,ThruPLEX DNA-seq Kit可以更少的起始DNA,構(gòu)建多樣性更好(左圖),重復(fù)更少(右圖)的文庫(25 M read pairs)。NGS文庫分別采用圖示對照gDNA起始量,以相應(yīng)的文庫制備試劑制備,采用MiSeq v3 flow cell測序。

 

 

ThruPLEX DNA-seq Kit 減少了GC偏差。以人類基因組相對覆蓋度為GC含量(%)的函數(shù)(50 ng DNA起始)。(左圖)ThruPLEX DNA-seq Kit 在整個(gè)范圍內(nèi)都有出色的覆蓋。(右圖)ThruPLEX DNA-seq Kit (金色)與參試的其他試劑一樣好或更好。請注意,在這些圖中的覆蓋度應(yīng)該為1。人類基因組中的GC含量分布以紅色柱形圖表示。

 

自備試劑:

Agencourt®XP 核酸純化磁珠Beckman Coulter,目錄號A63880

 

引用文獻(xiàn):

2017年以來,谷歌學(xué)術(shù)上搜索Rubicon ThruPLEX DNA-seq 有94篇文獻(xiàn)。

 

背景介紹

新一代測序(英文名稱Next Generation Sequencing,縮寫NGS)是一個(gè)需求快速發(fā)展的動態(tài)領(lǐng)域。無論樣品類型或應(yīng)用如何,每個(gè)樣品都需要制備DNA文庫,以便在Illumina NGS平臺上進(jìn)行測序。

文庫制備過程(下圖)涉及將Illumina測序接頭與片段DNA連接并添加Illumina兼容索引(indexes)以允許多個(gè)樣本的流動池混合測序(多重平行測序)。文庫制備是NGS操作流程的關(guān)鍵步驟,并直接影響測序結(jié)果的質(zhì)量。

 

 

隨著NGS臨床應(yīng)用的出現(xiàn)以及隨著NGS測序儀器功能的日益強(qiáng)大,研究人員和臨床醫(yī)師正在越來越多地調(diào)查更加困難和具有挑戰(zhàn)性的樣品,這些樣品數(shù)量有限,使用量少,有的還受損。在許多應(yīng)用中,例如來自血漿的游離DNA,樣品DNA材料有限且高度降解。

在DNA樣本比較珍貴時(shí),例如腫瘤組織的分析,使用少量樣本的能力可以盡可能多的保存樣本用于多種用途。臨床樣品還需要仔細(xì)追蹤樣品,樣品從不離開試管的方案有利于確保準(zhǔn)確的樣品追蹤并避免污染。這種不斷增長的趨勢需要文庫制備試劑盒,它能夠以簡單的工作流程精確地保留樣本的復(fù)雜性并提供更高的靈敏度和更高的多重測序能力。

滿足這些需求是ThruPLEX DNA測序試劑的核心。它的開發(fā)旨在提高多重測序能力,并從少量樣本制備高品質(zhì)、兼容Illumina的NGS文庫。ThruPLEX DNA-seq的三步式單管文庫制備是業(yè)界zui簡單的操作流程,可zui大限度地減少處理錯誤和寶貴樣品的損失。

 

名詞解釋:ChIP-seq 結(jié)合DNA測序分析蛋白與DNA的相互作用,確定DNA相關(guān)蛋白的結(jié)合位點(diǎn)。

ChIP:染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法。

ChIP測序也稱為ChIP-seq,是一種用于分析蛋白質(zhì)與DNA相互作用的方法。 ChIP-seq將染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)與大規(guī)模平行DNA測序相結(jié)合,以確定DNA相關(guān)蛋白的結(jié)合位點(diǎn)。它可以用來精確地定位任何目標(biāo)蛋白質(zhì)的結(jié)合位點(diǎn)。

 

ThruPLEX DNA-seq訂購信息

R400407/RB4407為期貨

 

品牌

貨號

名稱

規(guī)格

舊貨號

Rubicon

R400407

ThruPLEX DNA-seq 96D Kit

96 

RB4407

其他規(guī)格

 

 

 

 

Rubicon

R400406

ThruPLEX DNA-seq 48D Kit

48 

RB4406

Rubicon

R400427

ThruPLEX DNA-seq 48S Kit

48 

RB4427

Rubicon

R400428

ThruPLEX DNA-seq 12S(48) Kit

48 

RB4428

Rubicon

R400523

ThruPLEX DNA-seq 6S(12) Kit

12 

RB4523

 

Rubicon公司成立于2000年,總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù),檢控嚴(yán)格,擁有cGMP級生產(chǎn)能力,是單細(xì)胞測序文庫構(gòu)建的。2017年1月,Rubicon 成為Takara的一員,并且發(fā)展良好。

華雅再生醫(yī)學(xué)旗艦公司:紅榮微再(上海)生物工程技術(shù)有限公司主營細(xì)胞治療和精準(zhǔn)醫(yī)療等產(chǎn)品,2018年與TAKARA繼續(xù)合作,授權(quán)代理(上海)其旗下Rubicon單細(xì)胞文庫構(gòu)建試劑等產(chǎn)品。

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